如何保护野生动物？
为保护青藏高原独特而又极为珍贵的野生动物资源，铁路选线尽量避开野生动物栖息、活动的重点区域，西藏段工程绕避了林周彭波黑颈鹤保护区。对必须经过野生动物活动区域的路段，如穿过可可西里、楚玛尔河、索加等自然保护区的线路区段，组织专家研究野生动物保护问题，掌握沿线野生动物分布习性和迁徙规律，尽量减少对它们的干扰。
野生动物通道问题被认为是环境保护的头等生态问题。青藏铁路沿线共设置33处野生动物通道，沿线路方向累计宽度近60公里。根据不同动物的迁徙习性，通道被设计为桥梁下方、隧道上方及缓坡平交三种形式。对于藏羚羊等中小型动物通道，桥下通道部位净高大于3米。藏野驴、野牦牛等大型动物的通道，桥下通道部位净高大于4米。沿线还设有大量的桥梁、低路堤及家畜通道，也可供野生动物通行。
工地上流传着这样的话：“藏羚羊是老大，环保监理是老二”。为保证藏羚羊的产仔及自由迁徙，工程建设指挥部门多次为藏羚羊停工让路。2003年8月，为保证刚产完仔的藏羚羊顺利回迁，总指挥部要求沿线施工单位停工让路，全面清理动物通道的施工现场，对施工车辆实行管制，禁止鸣笛，引导藏羚羊通过动物通道。中铁十四局为此将位于五北大桥处的预制厂整体搬迁，500米范围内的所有工程全部停工，并禁止任何车辆通行。然而一连几天，近千只藏羚羊在五北大桥附近徘徊不敢通过。面对停工造成的巨大损失，中铁十四局心急如焚，给总指挥部发了一份《关于请求协调藏羚羊通过铁路工地的紧急报告》的电报。指挥部工作人员看到后，不由得都大笑起来。总指挥部立即派人前往现场，拔掉附近的彩旗，偃旗息鼓，耐心地等待藏羚羊通过后，才重新开工。
青藏铁路建设总指挥部的电子监测显示，近两年来，有大批藏羚羊通过铁路沿线的野生动物通道自由迁徙。
