深部地温和地中热流，是影响多年冻土层发育的下边界条件。据王钧等(1990)研究，我国东部和西南部分别处于太平洋板块和印度板块与欧亚板块相碰撞的影响范围之内，区域构造活动较为强烈，是具有较高地温的地热地质条件的地区。雅鲁藏布江至滇西部一带，都有较高的深部地温，1000m深处40～70℃，2000m处达70～80℃，最高可达100℃以上。同时，有较大的地温梯度4～5℃/100m，甚至7～8℃/100m，并有较高的地中热流，最高在100mW/m2以上。在藏南羊卓雍湖和普莫雍湖湖底8～30m的湖积层中地中热流在91～146 mW/m2之间，但在我国中部和西北部，构造上较为稳定(除昆仑山与天山相交处构造活动较强烈外)，具有较为广泛的低温地热地质背景。1000m地温一般在30～40℃或低于30℃，2000m地温一般在40～60℃，有的低于或稍高于此值。地温梯度一般在1.5～3.0℃/100m之间，地中热流40～60mW/m2，有的地区或小于、或稍大于此值。②一般盆地中地温、地热值比周围山区高，如松辽盆地1000m地温比大兴安岭要高出10-15℃以上，2000m地温则高出30℃。地温梯度比大兴安岭大2～3℃/100m，甚至更多到5～6℃/100m。地中热流要高出20～60mW/m2以上。又如准噶尔盆地、塔里木盆地的地温、地热值比阿尔泰山天山要高许多。③我国西部按区域地质构造特征，以昆仑山、祁连山、岷山、大雪山为界，又可分为西北部和西南部。前者具有低温地热背景，而后者则具有较高地温地热背景。如柴达木盆地、河西走廊及青藏地区的地温在同等深度上，要比新疆两大盆地的地温高10～20℃；藏北高原比其北部高山区2 000m深处地温较高，并有较大的地温梯度。
在青藏高原大片多年冻土区，地温梯度和热流值均较大，温度梯度＞5℃/100m都、热流值在60(冻土)～70(融土)mW/m2以上者，主要分布在中新生代盆地(昆仑山垭口盆地、沱沱河盆地、通天河盆地)，且与构造断裂有关。
总的来看，青藏高原地处纬度较低，太阳辐射强烈，加上地质构造最为年轻，构造变动强烈，深大断裂较为发育，且分布密集，新构造活动也很强烈，致使许多地区地温梯度大，地中热流高。因而，在相同的年平均气温、岩性等条件下，青藏高原冻土层的年平均温度要高一些，冻土层的厚度要小一些。这也是青藏高原多年冻土分布下界处年平均气温比东北多年冻土区南界处年平均气温要高2～3℃的原因之一。
