青藏高原是我国开发成度较低的区域，大部分地区还保留着原始的天然状态。是一块唯一的净土和处女地。西藏拉萨市被认为是世界上最洁净的城市。但是随着交通运输的改善，经济的发展和人类活动对自然环境的影响日益明显，不合理的对自然资源的索取，不合理的开荒种地和超值的放牧是高原资源和土地遭到破坏的重要原因。
50-60年代青海牧区盲目开荒600多万亩草场，毁草种粮，结果是草粮无收。使原来脆弱的生态环境失去了草被的保护，土壤被大风刮走，剩下沙硕一片。
高原草场过渡放牧，长期以来草场建设较差不恰当的追求牲畜存栏数，严重超载放牧草场明显的退化。草场的早害、鼠害严重，破坏了地表的完整性，影响了草被恢复。
对森林，灌丛的乱砍滥伐造成环境的恶化。在高原腹地的可可西里地区，近年来大批拓荒淘沙金者大量涌进太阳湖一带，淘金发财，把一块完整美丽的净土，破坏的千窗百孔，便地伤痕。疯狂的盗猎者于国家法律而不顾，多次偷进可可西里地区大量猎杀藏羚羊、藏野驴、藏牦牛。
在高原的东南部林区，采伐森林大量增长，加剧了现有森林资源的过分消耗。在峡谷森林区向高原面过渡的地段，处于临界的生态系统遭到了严重的破坏，这些脆弱的生态环境一旦遭到破坏是难以恢复的。
全球瞩目的世界屋脊在各族人民的辛勤劳动下发生了翻天覆地的变化。为了减缓和制止生态环境的恶化，需要下很大决心调整好人与自然的关系，开发和保护的关系。对高原这样地块有250万平方公里的贵地进行合理的规划安排，加强草场管理，退耕还草，退耕还林，植树种草，抓紧农田的基本建设，注重森林的合理采伐和抚育更新。对独特的天然生态系统，珍稀的动植物资源和神奇的自然风景合理安排，认真保护，这是我国各级政府和广大人民的紧急任务。
在高原范围内建立各种类型的自然保护区，保护脆弱的生态环境，保护濒危稀有的野生动植物。
目前以建成的保护有：
可可西里生态环境与野生动物保护区
阿尔金山自然环境保护区，保护生态平衡和野骆驼等大型有蹄类动物的生存条件。
卧龙大熊猫保护区。
九寨沟自然环境保护区。保护九寨沟的天然风景和生态环境。
白河金丝猴为主的动物保护区。
铁布梅花鹿为主的动物保护区。
青海湖鸟岛以水禽和候鸟为主的保护区。
黄龙寺生态环境保护区。
贡嘎山海螺沟国家森林环境保护区。
三江源自然生态环境保护区——是我国最大的自然保护区，它位于青藏高原腹地，是著名的长江、古老的黄河和国际河流澜沧江的发源地，故有“三江源”之称。三江源自然保护区是一个山的王国，高山峻岭携手遥望，银龙雪岭盘怀山中。有誉为“亚洲脊柱”的昆仑山，有雪库之称的唐古拉山又尊为“中华水塔”的巴颜喀拉山，这是一个水的世界，中华民族的母亲河黄河，长江和流经东南亚的澜沧江湄公河等著名河流的发源于此。有冰川之交的慕孜塔格山。这里雪山相连，冰川纵横，多年冻土广布，河网密布，水资源特别丰富。
三江自然保护是一个高原湖泊的海洋，湖泊星罗棋布，大小湖泊有1653个，其中最有名的扎陵湖、鄂陵湖，库赛湖、乌兰多拉湖等。参于形成世界海拔最高，面积最大的“高原湿地”。
三江源自然保护区是一个野生动物的天堂约有兽类76种，鸟类147种，两栖类48种。其中国家一级保护动物有：藏羚羊、野牦牛、西藏野驴、白唇鹿、雪豹、黑颈鹤、黑天鹅等14种。
