十六大的主题是：“高举邓小平理论伟大旗帜，全面贯彻‘三个代表’重要思想，继往开来，与时俱进，全面建设小康社会，加快推进社会主义现代化，为开创中国特色社会主义事业新局面而奋斗”。这个主题从总体上指明了新世纪新阶段，我们党应该高举什么旗帜、遵循什么思想路线、确定什么战略目标、沿着什么道路前进、保持什么精神状态，指明了怎样全面建设小康社会，怎样开创中国社会主义事业新局面。
　　“高举邓小平理论伟大旗帜，全面贯彻‘三个代表’重要思想”，回答了新世纪我们党举什么旗的问题，指出新的世纪，我们必须遵循邓小平理论和“三个代表”重要思想，进一步搞清楚什么是社会主义，怎样建设社会主义；建设什么样的党和怎样建设党这两个根本性问题；回答如何保持党的先进性，发挥社会主义制度优越性，推进先进生产力和先进文化发展，维护和实现好最广大人民根本利益。“继往开来，与时俱进”，回答了我们党遵循什么思想路线。一是说，我们党的理论和工作具有连续性、继承性、稳定性，以往行之有效的正确的基本理论、基本路线、基本纲领、基本经验和好的作风、好的传统，都要坚定不移地继承和坚持；二是说，我们党的全部理论和工作还要坚定不移地创新和发展，不能因循守旧，不能僵化保守，不能裹足不前，而要跟上时代步伐，反映时代精神，适应时代要求；要体现时代性，把握规律性，富于创造性；发展要有新思路，改革要有新突破，开放要有新局面，各项工作要有新举措；既要坚持马克思主义基本原理，又要不断推进理论创新；既要发扬革命传统，又要创造新鲜经验。要不断研究新情况，解决新问题，取得新进展。“全面建设小康社会”，回答了新世纪我们党确定什么战略目标。这个战略目标是中国式的，老百姓喜闻乐见的，可望可及的。这个战略目标是较高水平的小康社会，国内生产总值再翻两番，人均达到3000美元左右，而不是人均只有800多美元的低水平的小康社会；是全面发展的，而不是单一经济指标、片面发展的小康社会；是发展平衡的小康社会，而不是工农差别、城乡差别、地区差别继续扩大的小康社会。“加快推进社会主义现代化，为开创中国特色社会主义事业新局面而奋斗”，不仅回答了沿着什么道路前进，而且回答了应该保持什么精神状态。指出了我们应该沿着中国特色社会主义的道路前进，要保持“加快”和“奋斗”的精神状态。全面建设这样的小康社会，目标宏伟，任务艰巨，要有“加快推进”的意识，要有不懈“奋斗”的精神。就是说，要有只争朝夕、紧跟时代步伐的紧迫感；要有时不我待、昂扬奋进的精神状态。总的看来，这样的主题，目标明确，重点突出，思路清晰，切合实际，凝聚人心，鼓舞士气，十六大报告通篇都是围绕这个主题展开的，深为广大党员干部和群众理解、赞成、拥护。