青藏高原由于具有独特的自然环境和对全球环境具有特殊意义,因此《全国生态环境保护纲要》中明确指出,在青藏高原适合建立大面积的自然保护区。 青藏铁路沿线分布有5个已建的自然保护区和6个规划的自然保护区。5个已建的自然保护区为青海省境内的可可西里、三江源自然保护区和西藏境内的羌塘、林周澎波黑颈鹤、拉鲁湿地自然保护区;6个规划的自然保护区全部在西藏境内,为一江两河、纳木错、羊八井-格达温泉蛇、拉萨古柏树林、达孜叶巴喀斯特地貌和堆龙德庆县马乡不整合接触等自然保护区。青藏铁路穿越了可可西里、三江源自然保护区和规划的一江两河自然保护区,毗邻的保护区有11个。现重点对铁路穿越的自然保护区做如下介绍: 可可西里自然保护区(国家级),三江源自然保护区(省级),一江两河自然保护区(规划中的)。